Il territorio di competenza coincide con i limiti amministrativi della Provincia di Sondrio con una popolazione complessiva di circa 180.000 abitanti, distribuita su 3196 kmq e residente in 77 Comuni, con territori situati da 200 a 1800 metri slm, a ciascuno dei quali, tranne Sondrio, fa capo a una delle 5 Comunità Montane. L’esigenza fondamentale di collegamento della Valtellina è quella con la pianura lombarda e con Milano in particolare, ferma restando la necessità di garantire servizi per vallate e località scarsamente popolate in quota oltre che nel fondovalle lungo le strade statali e provinciali, nonché i collegamenti transfrontalieri con la vicina Svizzera (Cantone dei Grigioni).
L’Agenzia ha competenza diretta sui servizi di Trasporto Pubblico Locale per i sistemi di Bacino:
- urbano
- extraurbano
- funicolare di Motta-Campodolcino
Per quanto attiene ai servizi ferroviari regionali, di competenza Regionale, l’Agenzia è incaricata di elaborare proposte volte ad ottimizzare l’integrazione intermodale nel Bacino di competenza.